2000年,学校由水利部划归教育部直属。积极应对我国高等教育大众化趋势,把内涵式发展作为阔步前行的主题主线,全面建设世界一流特色研究型大学。2001年,教育部与水利部签订共建河海大学协议。2005年,教育部与水利部进一步签订继续共建河海大学协议。
国务院办公厅转发教育部等部门关于调整国务院部门(单位)所属学校管理体制和布局结构实施意见的通知,我校独立建制划转教育部管理。
学校成立河海大学研究生院,撤销河海大学研究生部。
我校正式为海军招收培养国防生。
10月,经科技部批准建设水文水源与水利工程国家重点实验室,成为我国在水文水资源、水环境水生态、水利水电工程领域开展创新性应用基础研究、解决重大工程关键技术问题、培养高层次人才及进行学术交流的重要基地。
90周年校庆,温家宝总理视察学校并作重要讲话,以“献身、求实、负责”的水利精神对学校寄予了殷切期望。
3月,我校经国家发改委批准建设水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心。
经教育部批准实施“985工程优势学科创新平台”建设。
河海大学举行了建校100周年暨中国水利高等教育100年庆祝大会。
学校水利工程、环境科学与工程入选国家首批“双一流”建设学科。目前已有工程学、环境学/生态学、计算机科学、材料科学、地球科学、农业科学、化学、社会科学、数学10个学科进入ESI全球前1%,工程学、环境学/生态学全球前1‰。水资源工程学科2022-2024年连续三年蝉联软科世界一流学科全球第一。
在教育部近两轮学科评估中水利工程持续保持领先,土木工程、环境科学与工程位列前茅。
河海大学常州新校区正式启用,布局信息科学与工程、人工智能与自动化、机电工程、新能源、材料科学与工程、经济与金融、未来技术、河海里尔、应急管理与安全工程、水土保持等10大学院,重点建设机械工程、信息与通信工程、控制科学与工程、材料科学与工程、应用经济学、数学等6个一级学科和人工智能、新能源科学与工程、移民科学与工程3个交叉学科。着力打造新兴学科交叉学科增长极、区域科技转移转化示范区、中外办学国际教育新基地。
学校召开第十四次党代会,明确要“高质量开创世界一流特色研究型大学建设新局面”,提出了六个“坚定不移”的发展思路和六个“新格局”的目标任务。