2000年,学校由水利部划归教育部直属。积极应对我国高等教育大众化趋势,把内涵式发展作为阔步前行的主题主线,全面建设世界一流特色研究型大学。2001年,教育部与水利部签订共建河海大学协议。2005年,教育部与水利部进一步签订继续共建河海大学协议。
90周年校庆,温家宝总理视察学校并作重要讲话,以“献身、求实、负责”的水利精神对学校寄予了殷切期望。
河海大学举行了建校100周年暨中国水利高等教育100年庆祝大会。
学校水利工程、环境科学与工程入选国家首批“双一流”建设学科。目前已有工程学、环境学/生态学、计算机科学、材料科学、地球科学、农业科学、化学、社会科学、数学10个学科进入ESI全球前1%,工程学、环境学/生态学全球前1‰。水资源工程学科2022-2024年连续三年蝉联软科世界一流学科全球第一。
在教育部近两轮学科评估中水利工程持续保持领先,土木工程、环境科学与工程位列前茅。
河海大学常州新校区正式启用,布局信息科学与工程、人工智能与自动化、机电工程、新能源、材料科学与工程、经济与金融、未来技术、河海里尔、应急管理与安全工程、水土保持等10大学院,重点建设机械工程、信息与通信工程、控制科学与工程、材料科学与工程、应用经济学、数学等6个一级学科和人工智能、新能源科学与工程、移民科学与工程3个交叉学科。着力打造新兴学科交叉学科增长极、区域科技转移转化示范区、中外办学国际教育新基地。
学校召开第十四次党代会,明确要“高质量开创世界一流特色研究型大学建设新局面”,提出了六个“坚定不移”的发展思路和六个“新格局”的目标任务。