常州机械制造职业大学和常州电力机械厂划归我校。此后，成为河海大学常州校区。

1992年水利部水库移民经济研究中心在河海大学挂牌成立，成为世界上第一个专门研究工程移民的研究机构，与牛津大学、泰国朱拉隆功大学并列为世界三大移民研究中心。

成立十大学院，分别是：水文水资源及环境学院、水利水电工程学院、港口航道及海岸工程学院、土木工程学院、电气工程学院、计算机及信息工程学院、机电工程学院、国际工商学院、技术经济学院、人文学院。

学校在南京市江宁区征地863亩，建设江宁校区，校区于2001年9月开始启用。之后在优化学科专业布局、深化校地合作、面向新兴产业发展的基础上高起点启用常州新校区，形成了“一校两地三校区”的办学格局。

学校作为首批进入“211工程”重点建设行列的高校之一。首批5个重点学科建设项目为水文学及水资源、岩土及水工结构工程、水力学及河流动力学、海岸带综合开发、治理与保护、水力发电工程。